Sustav upravljanja i kontrole  čine Upravljačko tijelo, Tijelo za potvrđivanje i Tijelo za reviziju. U svrhu pravnog prepoznavanja i određivanja njihovih funkcija, Vlada Republike Hrvatske je Odlukom o određivanju provedbenih tijela za upravljanje i kontrolu provedbe Operativnog programa u ribarstvu od 18. ožujka 2010. godine odredila navedena tijela. Temeljem navedene Odluke, Ministarstvo poljoprivrede je na razini svojih odvojenih unutarnjih ustrojstvenih jedinica određeno kao Upravljačko tijelo i Tijelo za potvrđivanje, pri čemu Uprava ribarstva obnaša ulogu Upravljačkog tijela, a Samostalna služba za akreditaciju Agencije za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju i potvrđivanje provedbe programa potpore u ribarstvu obnaša ulogu Tijela za potvrđivanje. Agencija za reviziju sustava provedbe programa Europske unije (ARPA) obnaša ulogu Tijela za reviziju.
S obzirom da Republika Hrvatska planira sva plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju obavljati preko Agencije za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju (APPRRR), a u skladu s člankom 58. stavkom 2. Uredbe Vijeća (EZ) br. 1198/2006 i člankom 38. stavkom 1. Uredbe Komisije (EZ) br. 498/2007, neki od zadataka Upravljačkog tijela delegirat će se Posredničkom tijelu - APPRRR, dok Upravljačko tijelo pri tome zadržava punu odgovornost za provedbu svih funkcija iz svoje nadležnosti.
Nadalje, neki zadaci iz djelokruga rada Tijela za potvrđivanje će biti također delegirani APPRRR-u, pri čemu će ovo provedbeno tijelo također zadržati punu odgovornost za provedbu svih funkcija iz svoje nadležnosti.

---