Pravilnikom o dodjeli državne potpore u sektoru ribarstva i akavkulture („Narodne novine“ br. 36/2015) propisan je postupak dodjele državne potpore koja podliježe obvezi prijave, postupak dodjele državne potpore izuzete od prijave (potpore o skupnom izuzeću i potpore male vrijednosti), kumulacija državne potpore, povrat države potpore. način vođenja evidencije, izvještavanje, dostava podataka o državnim potporama i registar državnih potpora.
Središnja tijela državne uprave, jedinice lokalne i područne (regionalne) samouprave te svaka pravna osoba koja dodjeljuje državne potpore u sektoru poljoprivrede dostavljaju Ministarstvu poljoprivrede, na  propisanim obrascima, prijedlog državne potpore i sve potrebne dokumente na koje se davatelj državne potpore poziva, osobito pravni akt temeljem kojeg se državna potpora dodjeljuje. Ministarstvo utvrđuje je li prijedlog državne potpore kompletan te ispituje ispunjava li odnosno je li usklađen sa uvjetima propisanim odgovarajućim EU uredbama i smjernicama. Kada je prijedlog državne potpore kompletan i usklađen, Ministarstvo prosljeđuje prijavu elektroničkim putem Europskoj komisiji. Ukoliko prijedlog državne potpore ispunjava sve uvjete Uredbe o izuzeću ili Uredbe o de minimis potpori, Ministarstvo poljoprivrede izdaje pozitivno mišljenje o njihovoj sukladnosti. Radi li se o državnim potporama izuzetim od prijave, Ministarstvo taj sažetak prosljeđuje elektroničkim putem Europskoj komisiji koja to objavljuje na svojim internetskim stranicama a podaci su dostupni ovdje.